Consiliul Superior al Magistraturii şi câteva asociaţii ale magistraţilor au fost singurele structuri din interiorul sistemului care s-au opus acțiunilor de politizare ale justiției inițiate de președintele Băsescu și ministrul Justiției, Monica Macovei.
Între 2005 și 2006, CSM a fost condus de judecătorul Dan Lupașcu. Anterior, în timpul guvernării PSD, acesta fusese unul dintre cei mai duri critici ai ministrului Rodica Stănoiu.
La nici două luni după ce devenise preşedinte, în 17 februarie 2005, Traian Băsescu ameninţă CSM-ul cu desfiinţarea: „Dacă vom constata că acest CSM nu doreşte să administreze justiţia în direcţia modernizării ei, eficientizării ei, ce o să facem? O să stăm până în 2009, să aşteptăm, să vedem? Cred că va trebui să facem ceva, să luăm măsurile impuse de realităţi”.
În 25 martie 2005, în şedinţa CSM, magistraţii din Consiliu critică Strategia anticorupţie 2005 – 2007 propusă de Monica Macovei, proiect aflat la acea vreme în dezbatere publică. Membrii CSM apreciază că strategia conţine inadvertenţe și incoerenţe cu alte legi, că ridică probleme de buget şi că ameninţă independenţa procurorilor. Prezentă la şedinţă, Monica Macovei reacţionează isteric la criticile magistraţilor ameninţându-i: „Să răspundeţi voi că nu vreţi să faceţi reforma. O să transmit că nu vreţi să faceţi reforma. Mi-e jenă de acest Consiliu”.
În 19 aprilie 2005, preşedintele Traian Băsescu intervine în conflictul dintre Monica Macovei şi CSM, luând apărarea ministrului Justiţiei. El le cere magistraţilor din Consiliu „să renunţe la orgolii” şi să găsească „o formulă de colaborare” cu Monica Macovei.
În 19 aprilie 2005, preşedintele Traian Băsescu îi ameninţă pe magistraţii din CSM cu demiterea dacă nu „îşi asumă răspunderea” pentru „reformele din justiţie”: „Nerealizarea acestor proiecte va atrage demiterea din CSM”.
În 3 decembrie 2005, preşedintele CSM, Dan Lupaşcu, critică modul de lucru al ministrului Monica Macovei, acuzând-o că lipseşte de la şedinţele CSM, că îşi transmite punctele de vedere prin comunicate de presă şi că duce o campanie continuă de denigrare a CSM. Dan Lupaşcu anunţă că „mulţi dintre colegii mei din CSM doresc să se retragă. Nu vor să fie umiliţi, nu vor să fie dispreţuiţi, nu vor să fie trataţi ca fiind infractori, ca fiind – ştiu eu – imorali, de către cei care numai standarde nu pot fi consideraţi din acest punct de vedere”. Dan Lupaşcu semnalează, de asemenea, formele groteşti pe care ajunsese să la ia adversitatea Monicăi Macovei faţă de CSM: „S-a ajuns până acolo încât există o listă de indezirabili, de salariaţi ai Consiliului Superior al Magistraturii, cărora le este interzis accesul în Ministerul Justiţiei”.
În 19 decembrie 2005, Monica Macovei îşi justifică conflictul cu CSM prin faptul că „nu toţi judecătorii şi procurorii vor reforma sistemului judiciar. Conflictul dintre mine şi CSM este firesc, pentru că eu sunt acel agent care trage repede de reformă, ei sunt conservatorii care trag înapoi”.
În şedinţa CSM din 4 ianuarie 2006, Consiliul ia în discuţie solicitarea ministrului Justiţiei de a aviza o serie de proiecte de modificare ale legilor justiţiei. Preşedintele CSM, Dan Lupaşcu formulează o serie de propuneri de completare şi modificare, criticând dur proiectele lui Macovei: „Sunt necorelări, imperfecţiuni, lacune încălcări de tehnică legislativă, dispoziţii neconstituţionale. Sunt dispoziţii care se bat cap în cap şi speram ca azi să discutăm în contradictoriu cu ministrul Justiţiei pe aceste aspecte. Din păcate, ministrul Justiţiei nu a trimis pe nimeni la şedinţa de azi”.
În 12 ianuarie 2006, într-un interviu dat Jurnalului Naţional, Dan Lupaşcu răspunde acuzelor Monicăi Macovei referitoare la faptul că CSM îi protejează pe magistraţii acuzaţi de încălcarea legii: „Ministrul Justiţiei minte şi minte într-un mod în care a făcut-o aproape constat. A reuşit să păcălească multă lume în 2005, deformând realitatea. Îi amintesc că am sancţionat anul trecut 15 magistraţi. Există oare o normă de sancţionare disciplinară?! Există oare o normă de punere la zid, de împuşcare a judecătorilor şi procurorilor ca să dăm satisfacţii şi să demonstrăm că lucrurile funcţionează în Justiţie?! Ministrul a fost nemulţumit de majoritatea membrilor acestui Consiliu pentru că nu sunt pe placul domniei sale. Probabil că ministrul vrea în acest Consiliu oameni pe care să poată să-i manevreze, care să răspundă cu capul plecat”.
În 10 septembrie 2009, pe fondul protestelor judecătorilor, Traian Băsescu participă la şedinţa CSM. În deschiderea şedinţei, preşedintele Băsescu îi atacă pe judecători, acuzându-i pe aceştia că fac „grevă”, ceea ce este ilegal. După ce îşi ţine discursul, Traian Băsescu se pregăteşte să plece, dar judecătoarea Mona Pivniceru îi cere să mai rămână pentru a asculta şi punctul de vedere al magistraţilor. Pivniceru îl acuză pe preşedintele Băsescu că intervine în actul de justiţie şi îl informează că protestul din instanţe va continua tocmai datorită „imixtiunii politicului în Justiţie şi a lipsei de independenţă”. Mona Pivniceru îl întreabă pe Traian Băsescu ce ar face dacă ar fi judecător, iar ea ar fi parte într-un proces. Preşedintele Băsescu îi răspunde scrâşnit: „V-aş condamna imediat.” La rândul său, judecătorul Dan Lupaşcu îi spune lui Traian Băsescu: „Se pare că nu aţi căpătat încă îndemânarea de a conduce şedinţele CSM”. Judecătorul Lupaşcu îi atrage atenţia lui Băsescu că a venit la CSM doar pentru a transmite un mesaj, ceea ce reprezintă o încălcare a Constituţiei, potrivit căreia preşedintele adresează mesaje doar Parlamentului. „Justiţia, adaugă Lupaşcu, merge din ce în ce mai prost şi, din păcate, în loc să o ajutaţi, dumneavoastră o înfundaţi mai adânc.”
