Dosarul Flota a fost deschis în anul 1997 şi a fost instrumentat mai intai de procurorii de la Parchetul instantei supreme, apoi de Parchetul National Anticoruptie, actualul DNA. Pe 20 mai 2003, dosarul a plecat de la procurorii Parchetului de pe linga Inalta Curte de Casatie si Justitie la Parchetul National Anticoruptie.
In august 2004, seful statului, pe atunci primar general al Capitalei, a fost trimis in judecata pentru instrainarea ilegala a 16 nave din flota comerciala a tarii, alaturi de alte 79 de persoane, printre care inca doi fosti ministri ai Transporturilor.
Prejudiciul a fost evaluat de procurori la 11.000 de miliarde de lei vechi. Cauza nu a fost judecata nici pana in prezent, dosarul fiind returnat la DNA de instanta suprema din cauza unor vicii de procedura.
Prin rechizitoriul PNA nr. 20 din 09.08.2004, semnat de procurorii Vasile Draghici si Ioan Otel si confirmat de fostul adjunct al sefului PNA, Gheorghe Suhan, 79 de inculpati din “Dosarul Flota”, printre care si Traian Basescu, au fost trimisi in judecata pentru un prejudiciu de peste 300 de milioane de dolari. Cauzat prin instrainarea a 16 nave ale CNM Petromin SA in anii ’90. Ex-ministrul Transporturilor, Traian Basescu, a fost inculpat pentru abuz in serviciu, fals, inselaciune si altele.
După ce Basescu a fost ales presedinte al Romaniei, instanta a ridicat din oficiu exceptia imunitatii prezidentiale. Inalta Curte a considerat insa ca textele constitutionale privind imunitatea sunt ambigue si nu s-a pronuntat in final pe exceptia ridicata din oficiu, desi printre zecile de inculpati au existat unii care au admis ca Basescu nu are imunitate.
Prin sentinta nr. 293 din 27.04.2005 a Inaltei Curti, “Dosarul Flota” a fost restituit la DNA pentru “neregularitatea actului de sesizare”. Sentinta a ramas definitiva prin decizia nr. 312 din 05.12.2005 a Completului de 9 judecatori. Astfel, s-a stabilit ca restituirea dosarului s-a datorat nu imunitatii prezidentiale sau necesitatii reluarii urmaririi penale, ci simplului fapt ca rechizitoriul “Flota” nu a fost confirmat de fostul sef al DNA, Ioan Amarie, ci de adjunctul acestuia. Morar a declarat imediat presei ca va studia cele 130 de volume ale dosarului pentru a putea lua o hotarare in cunostinta de cauza. Conform legii, faza imediat urmatoare era ca Daniel Morar sa-si asume obligatia de a reface actul de sesizare (varianta in care sa trimita dosarul inapoi la Inalta Curte). Morar nu si-a asumat aceasta obligatie din 2005 si pînă azi.
Persoanele care au lucrat la dosarul “Flota” sînt următoarele: chestorul Mihai Bogdan, procurorul Vasile Draghici, procurorul Ioan Otel si expertii, Nicolae Oprea, Traian Ilie, Ion Filimon si Nina Carnaciu. Artizanii sunt, in principal, chestorul Mihai Bogdan si procurorul Vasile Draghici.
Prima expertiza care a fost facuta la dosarul “Flota” poarta semnatura lui Nicolae Oprea, expert in litigii navale, fost angajat al IEFM Navrom Constanta, iar dupa ’90 administrator la societatile Eurolink Service CO SRL si Eurotech SRL. Lucrarea sa stabileste concluzii personale despre contractul dintre CNM Petromin SA si compania armatorului norvegian Torvald Klaveness. Dupa ce a finalizat expertiza, in primavara lui 1999, a părăsit România. Cercetarile au fost continuate de Traian Ilie, angajat al Ministerului Finantelor Publice. O alta lucrare a fost intocmita de tandemul Ion Filimon – Nina Carnaciu. Pe aceasta lucrare mai semneaza si expertul contabil Nina Carnaciu.
În 10 august 2004, PNA a anunţat, că procurorii au finalizat urmarirea penala si au dispus trimiterea in judecata a 80 de inculpati, acuzati de prejudicierea statului roman cu peste 11.000 de miliarde lei, ca urmare a instrainarii a 16 nave apartinind flotei maritime romane.
PNA sustinea ca printre inculpatii trimisi in judecată “sub aspectul savirsirii unor fapte penale in legatura directa cu modul defectuos in care si-au exercitat, cu stiinta, atributiile de serviciu sint fostii ministri ai transporturilor Basescu Traian, Teodoru Paul si Novac Aurel, fostul presedinte al FPS Radu Sirbu (cu rang de ministru), fostii secretari de stat Marinescu Calin Dragomir, Marinescu Gheorghe Adrian si Oancea Viorel, directori generali, inalti functionari de stat, membri ai CA si ai Comitetului Director, conducatori ai altor institutii si structuri care au activat in AGA de la CNM Petromin SA Constanta”.
Potrivit PNA, acestia au contribuit la formarea unei societati mixte, Petroklav (din asocierea Petromin cu firma norvegiana Torvald Klaveness), si la constituirea a 16 firme proprietare de unica nava cu denumirea fiecareia din cele 16 mineraliere. Prin vinzarea „ilegala a navelor in strainatate si prin inregistrarea unor pierderi financiare ar fi adus statului roman prejudiciul de 11.000 de miliarde lei”. Anchetatorii PNA au solicitat instantei ca recuperarea pagubelor de la inculpati sa se faca in solidar, individualizindu-se totodata cuantumul acestora pentru fiecare in parte.