Au existat relatări de presă potrivit cărora zeci de procurori ar fi semnat în februarie 2005, un protest împotriva lui Macovei, pe care Ilie Botoş l-ar fi dus preşedintelui Traian Băsescu.
În 7 mai 2005, peste o sută de magistraţi din judeţele Moldovei au fost convocaţi de ministrul Justiţiei, Monica Macovei, la o dezbatere privind modificările actualului cadru legislativ: statutul magistraţilor, organizarea şi funcţionarea instanţelor, precum şi modul de organizare a Consiliului Superior al Magistraturii.În cadrul întâlnirii, ce a avut loc la Iaşi, Monica Macovei s-a confruntat cu critici la adresa prestaţiei sale ca ministru. Atmosfera întâlnirii, care a durat aproape patru ore, a fost una de ostilitate şi de critici vehemente. Îndeosebi aspectele privind statutul judecătorilor şi al procurorilor au încins spiritele peste măsură. De pildă, aprecierea ministrului cum că “legile adoptate anul trecut au făcut un lucru rău, pentru că nimeni nu răspunde în faţa nimănui în ce priveşte eficienţa parchetelor”, iar “sistemul de acum asigură independenţa procurorilor, dar şi lipsa de răspundere” a primit replici dure. Într-un ropot de aplauze, Viorica Olariu, ex-vicepreşedinte al Curţii de Apel Iaşi, a spus: “Modificările propuse de minister încalcă principiul fundamental al independenţei magistratului, sunt în contradicţie cu Constituţia şi Codul Civil. S-a acreditat ideea că magistraţii care şi-au exprimat dezacordul sunt o frână în calea reformei şi a integrării în Uniunea Europeană. Nu este adevărat. Noi doar dorim o reformă reală, o îmbunătăţire a eficienţei Justiţiei”. Între altele, cei prezenţi şi-au exprimat dezacordul total cu prevederile de la articolul 1 din proiectul de modificare a Legii 303/2004, care stipulează: “magistratura este activitatea judiciară desfăşurată de judecători în scopul înfăptuirii justiţiei şi de procurori în scopul apărării intereselor generale ale societăţii”. Conform acestei prevederi, activitatea judiciară este similară celei “prestate de orice funcţionar public” şi nu de către judecători cu drept deplin ca putere în stat. Reacţia cea mai puternică a vizat modificările ce permit, în opinia magistraţilor, amestecul politicului în actul de Justiţie. Prim-procurorul Parchetului de pe lângă Tribunalul Botoşani, Cristian Popovici, a spus: “Cred sincer că în aceste proiecte s-a lăsat piciorul în uşă pentru politic”. El s-a referit la articolele conform cărora, pentru a promova în funcţiile de conducere, atât judecătorii cât şi procurorii trebuie să fie numiţi, în urma concursului, de către preşedintele României. Cristian Popovici a deplâns faptul că din proiect a fost scos articolul care stipula că “magistraţii nu se subordonează scopurilor şi doctrinelor politice”. Depăşită de situaţia creată, Monica Macovei a încercat să argumenteze că eliminarea s-a efectuat, deoarece textul nu era corect, redactat logic şi gramatical! Atmosfera s-a aprins când ministrul Justiţiei a declarat ritos că ea nu este interesată de frustrările acumulate de magistraţi de-a lungul anilor. Replica nu a întârziat, unul dintre participanţi afirmând: “Nici Ceauşescu nu numea în funcţii şefii de instanţe. Acest proiect de modificare este un cal troian, o aplicare a principiului: împarte şi stăpâneşte. După Revoluţie, toţi au făcut experimente cu Justiţia, indiferent de culoarea politică. Acest domeniu a fost, vreme de 15 ani, bătaia de joc a clasei politice. Legile votate anul trecut sunt cele mai bune pe care le avem de 15 ani încoace”.
În 16 mai 2005, Asociaţia Magistraţilor din România a prezentat, într-o conferinţă de presă, punctele de vedere faţă de modificările legislative propuse de Monica Macovei. Preşedintele AMR, Viorica Costiniu, a catalogat în termeni extremi de duri ,,gafa” ministrului justiţiei, Monica Macovei, care a recurs la modificările unor legi ,,făcute pompieristic, cu deficienţe structurale grave”. Aceasta a mai subliniat şi faptul că respectivele proiecte de legi au fost elaborate şi votate în grabă, fără a fi trecute prin filtrul Parlamentului, Corpului magistraţilor, societăţii civile şi a opiniei publice. ,,În cazul nostru, Monica Macovei le-a trecut doar prin filtrul unei ordonanţe de urgenţă. Proiectele de lege au fost făcute la jumătate de măsura. În loc să îmbunătăţim textele de lege, ele vin să sufoce activitatea în Justiţie. Multe dispoziţii constituie mai degrabă un regres, decît o reformă reală a Justiţiei. În acest fel, ne-am simţit folosiţi, pentru că reforma o facem pentru România, şi nu ca să placă Bruxelles-ului.”
De asemenea, preşedintele AMR a mai făcut referire şi la legile referitoare la Justiţie. În opinia AMR, acestea trebuie să asigure o întărire a statutului procurorilor, prin conferirea caracterului inamovibil. Viorica Costiniu a mai spus că trebuie eliminate diferenţierile de tratament între PNA şi celelalte parchete pentru a se înlătura orice discriminare profesională. Ea a mai precizat că AMR crede că metoda cea mai potrivită de numire în funcţii de conducere o reprezintă alegerea acestora în cadrul adunărilor generale ale magistraţilor, urmată de validarea de către CSM şi de verificarea procedurilor de alegeri de către for. Asociaţia consideră că adunarea generală a judecătorilor şi procurorilor are cea mai mare reprezentativitate într-o instanţă şi respectiv la nivel de parchet. În opinia preşedintei AMR, aceasta modalitate de alegere în funcţii ar elimina suspiciunile privind influenţa factorilor politici şi ar reprezenta ,,o garanţie ca persoanele care vor conduce instanţele şi parchetele sunt eliberate de orice obligaţie, atît faţă de o instituţie, cît şi faţă de o anumita persoană.”
În 24 mai 2005, Ministrul de resort, Monica Macovei, a criticat prezenţa judecătoarei de la Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie, Lidia Bărbulescu, în Comisia juridică a senatului. “La Comisia juridică se duc, din partea instanţei supreme, judecători care îşi susţin interese personale. Doamna Lidia Bărbulescu s-a aflat într-un evident conflict de interese”, a spus Macovei. “Nu mai putem asigura locuinţe nimănui. Sînt foarte multe cerinţe din partea judecătorilor şi procurorilor tineri, care au salarii mici. Este o afacere foarte proastă pentru minister”, a conchis ministrul justiţiei.
În 29 mai 2005, Ministerul Justiţiei a sesizat Ministerul Finanţelor, cerîndu-i să iniţieze o acţiune în instanţă prin care să solicite anularea contractelor de vînzare-cumpărare încheiate de magistraţii instanţei supreme pentru cele cinci locuinţe de serviciu primite pe 21 decembrie 2004. Potrivit ministrului Macovei cumpărarea celor cinci locuinţe este ilegală deoarece apartamentele au fost vîndute de RA-APPS şi nu de Ministerul Justiţiei, care deţinea casele.
La începutul lui octombrie 2005, ministrul Justiţiei, Monica Macovei, a declarat că magistraţii iau bani pentru soluţii în dosarele judecate.
În 26 octombrie 2005, după prezentarea raportului de ţară, Monica Macovei a spus că dacă România va rata integrarea din cauza corupţiei, vina va aparţine magistraţilor, însă de plătit vor plăti cetăţenii şi guvernanţii. Monica Macovei a spus că Raportul de ţară al Comisiei Europene cuprinde o afirmaţie “şocantă”, respectiv că în sistemul judiciar penal există corupţie.
În 26 octombrie 2005, ministrul Justiţiei a decis verificarea modului în care procurorii au instrumentat dosarul celor doi directori din administraţia constănţeană, Constantin Babus şi Marius Tărcatu, eliberaţi din lipsa de probe, de magistraţii Tribunalului Bucureşti, după ce fuseseră reţinuţi în baza unei ordonanţe pentru 24 de ore. “Dacă se constată că reţinerea pentru 24 de ore a celor doi s-a făcut fără probe, procurorii care-i anchetează vor plăti. Acesta nu este însă în opinia mea un caz de mare corupţie”, a afirmat ministrul Monica Macovei. Macovei a declarat că “nu i-a făcut plăcere” să vadă la televizor ştirea despre reţinerea şi eliberarea directorilor de la Constanţa.
În 29 octombrie 2005, Monica Macovei a afirmat, la întîlnirea cu avocaţii din mai multe judeţe, care a avut loc la Olăneşti, că “justiţia noastră este imprevizibilă”. Ea a spus că în acelaşi caz sunt date soluţii diferite, iar “indicele de soluţii greşite este de 30 la sută la tribunale şi 20 la sută la Curţile de apel”.
În 1 decembrie 2005, ministrul Justiţiei, Monica Macovei, a sesizat conducerea Consiliului Superior al Magistraturii (CSM) asupra neregulilor de la concursul de promovare în funcţii de execuţie a judecătorilor şi procurorilor, organizat de Institutul Naţional al Magistraturii (INM) în perioada octombrie – noiembrie 2005. Ministrul a avertizat în principal asupra faptului că după publicarea rezultatelor finale “s-au constatat la unele materii diferenţe inacceptabile între notele acordate iniţial şi notele acordate după formularea şi admiterea contestaţiilor. În acest sens, Macovei a arătat că “opinia publică poate în mod legitim să pună sub semnul îndoielii corectitudinea modalităţii de promovare în sistemul judiciar şi, nu în ultimul rînd, calitatea profesională a celor promovaţi”. Ministrul Justiţiei a solicitat să se identifice şi să se dea publicităţii cauzele acestor nereguli şi a cerut ca pînă la finalizarea anchetei nici un magistrat din cei suspectaţi a fi favorizaţi să nu fie promovat în funcţie. Practic, după soluţionarea contestaţiilor formulate, unor judecători le-au crescut subit notele cu pînă la şase, şapte puncte, ajungînd din categoria “respinşilor” în cea a “admişilor”.
În 11 decembrie 2005, cei 33 de judecători ai Curţii de Apel Braşov, în frunte cu preşedintele acestei instanţe, judecătorul Octavian Drăghici, au adresat un memoriu CSM: “În temeiul prevederilor Legii nr. 317/2004 şi al dispoziţiilor constituţionale potrivit cărora dumneavoastră aveţi un rol esenţial în apărarea drepturilor şi libertăţilor magistraţilor, colectivul judecătorilor Curţii de Apel Braşov vă adresează rugămintea de a solicita Ministerului Justiţiei, prin doamna ministru Monica Macovei, membru al instituţiei pe care o conduceţi, un punct de vedere oficial în legătură cu motivele pentru care plata drepturilor salariale restante (primele de concediu) aferente anilor 2001-2002 s-a efectuat numai pentru magistraţii procurori, aşa cum rezultă din adresa nr. 4179/C/11 noiembrie 2005, emisă de Procurorul General al României. Potrivit adresei menţionate, plata a şi fost efectuată în cursul acestei luni de către Ministerul Public, în timp ce pentru magistraţii judecători nu au fost întreprinse nici un fel de demersuri, nici pentru obţinerea sumelor necesare şi nici pentru efectuarea plăţilor. Colegii noştri de la Tribunalul Braşov au adresat o solicitare scrisă Ministerului Justiţiei, solicitare pe care o susţinem şi noi, dar la care nu s-a primit un răspuns oficial. Chestiunea la care ne referim nu ne preocupă în primul rând din punct de vedere al veniturilor propriu-zise, ci pentru faptul că Ministerul Justiţiei manifestă o preocupare şi un interes diferenţiat şi discriminatoriu pentru asigurarea tuturor drepturilor de care beneficiază procurorii şi judecătorii. Până în prezent, întotdeauna, chestiunile au fost rezolvate cu prioritate pentru colegii procurori şi cu mare întârziere pentru judecători şi am dori să cunoaştem care ar fi motivele pentru care există această diferenţiere, respectiv dacă aceasta este făcută din anumite raţiuni legate de oportunitate sau legalitate, sau este rezultatul incompetenţei compartimentului de specialitate din cadrul Ministerului Justiţiei”. Totodată, judecătorii braşoveni sunt nemulţumiţi şi de afirmaţia ministrului Monica Macovei, care, într-un comunicat de presă din 4 decembrie curent, declarase că, în perioada iunie-octombrie a.c., Ministerul Justiţiei a achitat integral toate restanţele salariale ale judecătorilor din întreaga ţară. “Nici vorbă de aşa ceva. Ministerul ne-a plătit, e adevărat, nişte restanţe, dar banii respectivi reprezentau doar diferenţele de salariu rezultate în urma recorelării sectoriale a retribuţiilor magistraţilor cu cele ale celorlalte puteri din stat, care au fost achitate judecătorilor pentru perioada noiembrie 2000- decembrie 2002, iar grefierilor pentru perioada noiembrie 2000- mai 2005. Cât despre primele în discuţie, repet, nici vorbă ca judecătorii instanţelor de pe raza Curţii de Apel Braşov să fi primit vreun leu până la ora actuală, în condiţiile în care colegilor procurori sumele respective le-au fost achitate inclusiv indexate cu rata inflaţiei!”, a declarat judecătorul Octavian Drăghici, preşedintele Curţii de Apel Braşov.
În ianuarie 2006, şi judecătorii bucureşteni au protestat faţă de modul în care sunt trataţi de Ministerul de Justiţie (MJ). Concret, aceştia acuză că ministerul condus de Monica Macovei îi tratează diferenţiat şi discriminatoriu în raport cu procurorii, în ceea priveşte acordarea unor drepturi salariale. Nemulţumirea judecătorilor bucureşteni se datorează faptului că din primele de concediu pe anii 2001 – 2002, în cuantum de un salariu brut de încadrare, nu au văzut nici un ban. În schimb, pentru procurori, cei de la minister au găsit imediat fondurile necesare, astfel că sumele restante au fost achitate aproape în totalitate. Situaţia în care se află judecătorii din Bucureşti este cu atât mai curioasă cu cât aceştia şi-au câştigat, definitiv, în instanţă, drepturile băneşti restante. Potrivit hotărârilor judecătoreşti, Ministerul de Justiţie este obligat să le plătească judecătorilor primele de concediu datorate pe anii 2001 – 2002, actualizate cu rata de inflaţie. Situaţia în care se află judecătorii bucureşteni nu este singulară. Şi judecătorii instanţelor din Braşov şi Covasna acuză MJ de tratament diferenţiat şi discriminatoriu în raport cu procurorii, 33 de judecători ai Curţii de Apel Braşov adresând deja un memoriu Consiliului Superior al Magistraturii.
În 11 ianuarie 2006, în ceea ce priveşte criticile vehemente aduse MJ de Asociaţia Magistraţilor din România, Monica Macovei a atacat dur “atitudinea” instituţiei, şi a afirmat că rolul principal al AMR şi CSM este să-şi facă o imagine bună din interior, nu să stea să critice ceea ce fac alte instituţii.
În 25 ianuarie 2006, Viorica Costiniu, preşedintele AMR a spus la CSM că “este un recul al reformei faptul că, la cîteva luni de la modificările legilor Justiţiei, în vigoare din septembrie 2004, modificate la începutul lui 2005 şi apoi în august 2005, s-a intervenit în forţă cu preluarea parchetelor sub autoritatea ministrului Justiţiei”.
Într-un interviu publicat pe 1 martie 2006, în Capital, Monica Macovei a fost întrebată despre afirmaţiile sale potrivit cărora ar exista cazuri de corupţie chiar şi la Curtea Supremă şi ar şti sumele care se dau pentru a obţine o sentinţă. Macovei a răspuns: “Mie mi s-au spus sume de la multe instanţe. Eu nu am cum să-i anchetez. Pot să trimit informaţia la DNA, dar cu o informaţie generală nu se face nimic. Pentru mine grăitoare este percepţia populaţiei, cît de mediatizate sunt aceste cazuri şi cum politicienii atacă justiţia, toţi spun că e comandă politică. Nu e o comandă politică.”
În martie 2006, preşedintele AMR, Viorica Costiniu, a citat mai multe declaraţii ale unor oameni politici la adresa sistemului judiciar din România. Potrivit lui Costiniu, ministrul Justiţiei Monica Macovei ar fi afirmat, cu ocazia conferinţei locale a filialei AMR Bucureşti, că 70 la sută din magistraţi sunt “corupţi”.
În 19 iunie 2006, Asociaţia Procurorilor din România (APR) s-a arătat indignată de modalitatea în care Ministerul Justiţiei (MJ) evaluează activitatea procurorilor, folosindu-se de un indicator care “nu este utilizat în nici o parte a lumii”, şi anume media rechizitoriilor întocmite de fiecare procuror. Potrivit APR, în acest fel Ministerul Justiţiei (MJ) încearcă să manipuleze opinia publică în privinţa reformei Ministerului Public şi să acrediteze ideea lipsei de activitate a procurorilor. “Există, desigur, mijloace de evaluare a muncii folosite şi de Uniunea Europeană, dar complexitatea diferită a cauzelor între diverse nivele ale instanţelor sau chiar la acelaşi nivel face inutilă o medie a rechizitoriilor efectuate de fiecare procuror”, susţin reprezentanţii magistraţilor, într-un comunicat de presă. De asemenea, APR consideră că restructurarea Parchetului instanţei supreme nu ar rezolva problema deficitului de procurori la nivelul parchetelor de pe lîngă judecători şi tribunale. “Solicitînd o redistribuire a posturilor, Ministerul Justiţiei confundă planurile: nu de posturi este nevoie, ci de procurori”, menţionează APR. APR consideră că, deşi la secţiile Parchetului de pe lîngă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie conducerile sunt vacante de aproape un an, ministrul Justiţiei nu a fost în măsură să formuleze nici o propunere pentru conducerile acestor secţii, cu excepţia Secţiei parchetelor militare. APR aminteşte că nu a fost revizuită legislaţia penală şi procesual penală, că nu au fost eliminate paralelismele în materia competenţelor şi nici blocajele determinate de contradicţiile legislative, iar că “practica Ministerului Justiţiei de a submina autoritatea şefului ierarhic şi de a învrăjbi diverse categorii de magistraţi, de a crea instabilitate şi incertitudine produce grave prejudicii ordinii de drept”. “Facem un apel insistent pentru ca Ministerul Justiţiei să abandoneze preocupările şicanatorii şi marginale şi să sprijine Ministerul Public în realizarea celei mai importante sarcini a sa: combaterea criminalităţii”, se precizează în finalul comunicatului.
În 28 iunie 2006, la Târgovişte, la Conferinţa Naţională a Judecătorilor, ministrul justiţiei, Monica Macovei a declarat că în România, justiţia pare o loterie, mulţi judecători dînd soluţii diferite în acelaşi dosar.
În iulie 2006, ministrul Justiţiei, Monica Macovei, a declarat că nu mai are încredere în Justiţie avînd în vedere soluţiile extrem de diferite date de instanţe pe dosare identice. Ministrul a criticat deciziile contradictorii luate de judecători şi a lăsat să se înţeleagă că Ilie Botoş ar putea fi schimbat din funcţia de procuror general. Întrebată la o emisiune de la Realitatea TV cum comentează faptul că o instanţă dă o condamnare de un an cu suspendare, se face recurs, se ajunge la instanţa superioară şi apare o condamnare de zece ani cu executare, Macovei a spus că vede astfel de soluţii, pentru că primeşte la avizare cereri de graţiere. “Şi eu m-am referit la un astfel de caz, în care o persoană a fost condamnată la fond un an cu suspendare şi pe acelaşi dosar, evident acelaşi dosar, aceleaşi probe, a luat zece ani în recurs. Judecătorii trebuie să înţeleagă că asta nu este o exprimare a independenţei lor, pentru că cele două soluţii sunt contrare, sunt total opuse. Care este bună, prima sau ultima? Răspunsul este “nu ştiu”, poate nici una. Poate că a avut judecătorul de la fond dreptate, poate acela de la recurs, dar noi nu ştim şi nu o să ştim niciodată. Sau poate nici unul. Pot să cred că nici unul, nu? În clipa asta nu ai cum să ai încredere în Justiţie. Cu astfel de soluţii, nu”, a spus Macovei.