Primul lucru pe care îl face Daniel Morar după numirea sa în funcţia de procuror şef al PNA este să rezolve Dosarul Flota, mai precis să tergiverseze şi apoi să claseze acest dosar care se referea la faptele de mare corupţie ale fostului ministru al Transporturilor, Traian Băsescu. Prin rechizitoriul Parchetului Naţional Anticorupţie numărul 20 din 9 august 2004, fostul ministru al Transporturilor, Traian Băsescu, fusese trimis în judecată, alături de alţi 78 de inculpaţi, pentru un prejudiciu de peste 300 de milioane dolari cauzat prin înstrăinarea frauduloasă a 16 nave ale Companiei de Navigaţie Maritimă (CNM) Petromin SA în anii ’90.
În ciuda faptului că, potrivit articolului 84 din Constituţie, preşedintele ţării beneficiază de o imunitate limitată, similară cu cea a parlamentarilor, care pot fi urmăriţi penal pentru orice faptă care nu are legătură cu voturile sau opiniile politice exprimate, noul șef al PNA, Daniel Morar, decretează că preşedintele Traian Băsescu se bucură de imunitate pentru orice faptă, cu excepţia celei de înaltă trădare.
În 20 aprilie 2005, are loc la Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie ultimul termen din Dosarul Flota la care participă Traian Băsescu. După şedinţa de judecată, preşedintele Traian Băsescu îi acuză pe procurorii care se ocupaseră de dosar, Vasile Drăghici şi Ioan Oţel, că au falsificat probe şi că întregul dosar a fost o comandă politică: „În dosar există falsuri făcute chiar de procurori. Dacă se va judeca, vom vedea ce se înţelege prin «stat ticăloşit», un stat care este în stare, printre altele, să utilizeze şi justiţia împotriva oricărui om, nu numai împotriva mea ca politician la acea vreme. Expertiza a fost făcută de un expert care avea calificarea de electrician. Nu avea nimic în comun cu partea de exploatare comercială. A scris expertiza după dictare.”
În realitate, experţii din Dosarul Flota erau experţi autorizaţi şi documentaseră judicios prejudiciul.
Prin sentinţa nr. 293 din 27 aprilie 2005 a Înaltei Curţi de Casaţie şi Justiţie, Dosarul Flota este restituit PNA pentru „neregularitatea actului de sesizare”, respectiv pentru faptul că rechizitoriul nu era semnat de fostul şef al PNA, Ioan Amariei, aşa cum într-adevăr cerea procedura, ci doar de adjunctul acestuia. Deşi decizia Înaltei Curţi viza doar înlăturarea viciului de procedură, Daniel Morar, în loc să semneze rechizitoriul pentru a se putea continua judecata, dispune abuziv refacerea întregii urmăriri penale. Morar deschide astfel calea tergiversării şi, în final, a blocării celui mai mare dosar de corupţie de până atunci din România, al cărui principal inculpat este chiar preşedintele ţării, Traian Băsescu. După o întârziere de nouă luni, în 25 ianuarie 2006, Daniel Morar declară într-o conferinţă de presă că „se fac cercetări pentru că, poate, nu sunt de acord cu ce este în dosar”. După încă un an, în aprilie 2007, Daniel Morar anunţă că este în curs o nouă expertiză care urma să se încheie în luna iulie 2007. Făcute publice abia în 17 octombrie 2007, rezultatele acestei noi expertize indică un scandalos „prejudiciu zero”, în condiţiile în care două expertize anterioare din dosar efectuate de experţi autorizaţi stabiliseră un prejudiciu de 300 milioane dolari rezultat în urma înstrăinării frauduloase a celor 16 nave.
Procurorii care anchetaseră Dosarul Flota sunt înlăturați, în timp de procurorii care blocaseră dosarul sunt avansați. În octombrie 2005, după două luni de la numirea sa, Daniel Morar demite 11 procurori din funcţiile de şefi ai serviciilor teritoriale DNA şi din structura centrală a DNA. Printre procurorii demişi este şi Ioan Oţel, şeful serviciului teritorial Constanţa, coautor al Dosarului Flota în care fusese inculpat Traian Băsescu. În 29 noiembrie 2005, ministrul Justiţiei, Monica Macovei, înaintează CSM o notă prin care cere eliberarea din funcţie a procurorului Vasile Drăghici, şeful Secţiei Urmărire Penală şi Criminalistică a Parchetului de pe lângă Înalta Curte. Vasile Drăghici este procurorul care finalizase Dosarul Flota.
În 23 septembrie 2005, preşedintele Traian Băsescu semnează decretele de numire în funcţii de conducere la Parchetul Naţional Anticorupţie a cinci procurori propuşi de ministrul Justiţiei, Monica Macovei. Patru dintre cei aleşi pentru a ocupa posturile vacante din PNA primiseră aviz favorabil din partea membrilor Consiliului Superior al Magistraturii. Cel de-al cincilea, procurorul Mircea Zărie, nu fusese validat pentru funcţia de prim-adjunct al şefului PNA. Cu toate acestea, Zărie este numit în funcție de Traian Băsescu. Astfel, la propunerea Monicăi Macovei, preşedintele României îl numește într-o funcţie importantă pentru lupta cu marea corupţie tocmai pe cel care blocase ancheta în Dosarul Flota. Însărcinat cu acest dosar în 1998, Zărie îl ținuse în nelucrare mai bine de un an de zile.
În 11 aprilie 2007, procurorul șef al DNA, Daniel Morar, participă la o emisiune la Realitatea TV în timpul căreia declară că a avut discuţii telefonice cu preşedintele Traian Băsescu pe tema Dosarului Flota. Discuţiile ar fi avut loc după ce Morar susţinuse public că preşedintele are imunitate şi nu poate fi cercetat. Într-un acces de servilism, Daniel Morar afirmă că preşedintele Traian Băsescu i-ar fi spus că vrea să fie cercetat şi că nu este de acord cu punctul de vedere potrivit căruia ar avea imunitate.
